Gerade ihr eigener Schutzmechanismus machte der Flussperlmuschel lange Zeit das Leben schwer. Ihre namensgebende Fähigkeit, Fremdkörper wie Sandkörner mit einer Perlmutschicht zu überziehen und damit über einen Zeitraum von mehreren Jahrzehnten wunderschöne Perlen entstehen zu lassen, verleitete Menschen dazu, ganze Bestände auszurotten. Und dabei lässt sich bei weitem nicht in jeder ausgewachsenen Muschel eine Perle finden, nur ein ganz geringer Prozentsatz bildet diese überhaupt aus.

Die Flussperlmuschel ist eine dunkelbraune bis schwarze Muschel mit durchschnittlich 10 bis 13 cm Länge. Sie erreichen ein Alter von achtzig bis hundert Jahren, wobei in Skandinavien Bestände von sogar 200jährigen Flussperlmuscheln nachgewiesen wurden. Sie benötigt als Lebensraum kalkarme und nährstoffarme Fliessgewässer. Sie zieht den Kalk für den Schalenaufbau daher nicht direkt aus dem Wasser sondern aus den Nahrungspartikeln, die die Muscheln aus dem Atemwasser herausfiltrieren. Das Vorkommen in Deutschland ist auf wenige Restbestände begrenzt.

Die Flussperlmuschel erreicht ihre Fortpflanzungsfähigkeit je nach Lebensraumbedingungen erst mit 15 bis 20 Jahren. Bis dahin gilt es für sie einige Hürden zu überwinden. Die von den Männchen abgegebenen Samenzellen werden von den weiblichen Muscheln über das Atemwasser aufgenommen. Sollte die Anzahl der Samenzellen zu gering sein, ist die weibliche Muschel durch Zwitterbildung in der Lage, sich selbst zu befruchten und damit für ausreichend Nachwuchs zu sorgen. Während der Fortpflanzungszeit bilden die Weibchen 3 bis 5 Millionen Glochidien. Diese Muschellarven werden in das fließende Wasser abgegeben und müssen für ihre Weiterentwicklung durch Bachforellen eingeatmet werden. In den Kiemen der Forelle führen sie über zehn Monate eine parasitische Lebensweise, werden also von der Forelle miternährt. Nach dieser Phase sind sie gerade mal 0,5 cm groß und lassen sich auf den Grund des Gewässers fallen, wo sich die Jungmuscheln für drei bis vier Jahre in den Bachboden eingraben. Dort ernähren sie sich von Bakterien und kleinsten Pflanzenteilen. Nach dieser Phase begeben sie sich an die Oberfläche des Gewässerbodens und ernähren sich dort von kleinen Pflanzen.

Aufgrund der komplexen Fortpflanzungs- und Entwicklungsvorgänge der Flussperlmuschel bleibt ihre Erhaltung weiterhin gefährdet, auch wenn sie nicht mehr wegen ihrer Perlen gejagt werden. Die Flussperlmuscheln sind in Anhang II der Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie aufgeführt, für die europaweit Schutzgebiete eingerichtet werden müssen. Im Dreiländereck existiert das größte Vorkommen in Europa, dort wurden zudem Artenhilfsmaßnahmen durchgeführt.
Zur Sicherung der Bestände bedarf es in erster Linie intakter nährstoffarmer Gewässer und dem Vorkommen von Bachforellen als Wirtstier unserer Breiten.

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