Trotz Unterschieden in der Organisationsstruktur arbeiten beide Nationalparkverwaltungen im Flächenmanagement und in der Besucherbetreuung sehr gut zusammen. Das Schutzgebiet ist nicht nur der erste grenzüberschreitende Nationalpark Österreichs sondern auch der erste der von der IUCN international anerkannt wurde. Er ist ein Kernstück der Naturschutzarbeit im Burgenland. 50 Prozent der Nationalparkfläche (ca. 4500 ha) umfasst die Naturzone, wo keine Nutzung stattfindet. Die Bewahrungszonen des Nationalparks hingegen sind größtenteils Kulturlandschaften und somit von landschaftspflegerischen Maßnahmen abhängig.

Zwischen Alpen und Puszta erstreckt sich mit dem Neusiedler See der westlichste Steppensee des Kontinents. Er ist eingebettet zwischen den letzten, östlichsten Ausläufern der Alpen im Westen und dem westlichsten Teil der Kleinen Ungarischen Tiefebene, dem Seewinkel, im Osten. Die Staatsgrenze zwischen Österreich und Ungarn folgt also keinen naturräumlichen Gegebenheiten. Auch aus biologischer Sicht ist das Neusiedler See - Gebiet ein Grenzraum, geprägt von Elementen verschiedener Landschaftsräume: alpine, pannonische, asiatische, mediterrane und nordische Einflüsse machen sich bemerkbar, was zur hohen Artenvielfalt erheblich beiträgt.

Weite zusammenhängende Wiesen und Weideflächen sind für den Seewinkel ebenso charakteristisch wie der Neusiedler See mit seinem Schilfgürtel oder die Salzlacken. Die Lebensraum erhaltenden und schaffenden Pflegemaßnahmen Beweidung und Wiesenmahd werden vom Nationalpark koordiniert und im Zuge der Nationalpark-Forschung auf ihren Erfolg untersucht.
Das Naturerlebnis ist hier geprägt von der Offenheit der Landschaft, von der Einsehbarkeit der vielfältigen Lebensräume, vom weichen Licht – und natürlich von der Artenvielfalt in der Tier- und Pflanzenwelt. Mit der Gründung des grenzüberschreitenden Nationalparks wurde schrittweise ein umfangreiches Besucherprogramm entwickelt und laufend evaluiert. Beobachtungshochstände, Informationspulte und Beschilderungen mit Verhaltensregeln bilden die Infrastruktur für die Besucherlenkung und für das individuelle Naturerlebnis.