Das Grüne Band beherbergt neben einer Vielzahl europaweit geschützter und gefährdeter Lebensraumtypen auch eine große Zahl von gefährdeten Tier- und Pflanzenarten der Roten Listen. Es verbindet zahlreiche hochwertige Naturflächen wie eine Perlenkette. Mit seinen 1393 km Länge stellt es das Rückgrad für ein Biotopverbundsystem von bundesweiter und sogar europäischer Bedeutung dar. Aufgrund der zentralen Lage Deutschlands ist das deutsche Grüne Band auch ein bedeutendes Kernstück des Europäischen Grünen Bandes, das aufgrund einer ähnlichen historischen Ausgangssituation entlang des gesamten ehemaligen Eisernen Vorhangs entstanden ist und von der Barentssee mit einem Abzweig zur Adria bis zum Schwarzen Meer reicht.
Für das deutsche Grüne Band gilt, dass sich hier auf weiten Strecken – vor allem im Bereich der intensiv genutzten Bördelandschaften – die einzigen naturnahen Flächen finden, die als Ausbreitungsweg und -quelle vieler Arten und damit als Anknüpfungspunkt für eine Aufwertung der angrenzenden Kulturlandschaft dienen können.
Während Abschnitte des Grünen Bandes schon unter Naturschutz stehen und weitere Schutzgebiete geplant sind, wird es anderenorts wieder teils illegal genutzt oder durch Verkehrswege zerschnitten. Insgesamt sind dadurch bereits ca. 15 % der Fläche des Grünen Bandes beeinträchtigt oder zerstört worden. Weitere große Flächenanteile sind aufgrund der fehlenden rechtlichen Sicherung und der unklaren Besitzverhältnisse, die teilweise die Durchführung erforderlicher Pflegemaßnahmen verhindern, akut bedroht. Wenn verhindert werden soll, dass diese national bedeutsame Biotopverbundachse mehr und mehr in einzelne isolierte Teile zerschnitten wird oder über weite Strecken vollständig verschwindet, muss auf allen Ebenen des Naturschutzes gehandelt werden.